いろいろとご迷惑をおかけして申し訳ございません。
最小限の環境でやってみました
buildcraft-7.1.23
CoFHCore-[1.7.10]3.1.4-329
logisticspipes-0.9.3.132
ThermalExpansion-[1.7.10]4.1.5-248
ThermalFoundation-[1.7.10]1.2.6-118
これのみです。
配管は1枚目の写真のように左から レッドストーンブロック クリエイティブエンジン LP変換機 基本パイプ クラフティングパイプ ロジスティクス作業台 となっています。
ロジスティクス作業台には2枚目の写真のようにチェストを登録しています。
そして、crafting sgin creatorをクラフティングパイプに使うとクラッシュします。
3枚目のように作業台はクラッシュしません